Das HI-Virus ist ein so genanntes Retrovirus. Die medikamentöse Behandlung wird entsprechend auch antiretrovirale Therapie genannt. Da der Erreger sehr wandlungsfähig ist und bei jedem Vermehrungszyklus neue Varianten (Mutationen) bilden kann, können die Viren leicht resistent gegen Medikamente werden.

Die Standardtherapie besteht deshalb aus einer Kombination mehrerer Medikamente und umfasst in der Regel mindestens 3 Wirkstoffe, da eine gleichzeitige Resistenz gegen mehrere Wirkstoffe unwahrscheinlicher ist. Sie ist auch unter ihrer Abkürzung HAART (HochAktive Antiretrovirale Therapie) bekannt.

Die Behandlung soll bei allen Patienten mit Symptomen erfolgen, bei Fehlen von Symptomen beginnt sie spätestens, wenn die Zahl bestimmter Immunzellen (T-Helferzellen) im Blut unter 200 pro Mikroliter sinkt. Der optimale Zeitpunkt des Therapiebeginns bei symptomlosen HIV-Infizierten ist umstritten. Viele Ärzte beginnen eine Therapie in Absprache mit ihren Patienten bereits bei höheren T-Helferzell-Zahlen. Die Therapie muss  lebenslänglich fortgesetzt werden. Ziel der Behandlung ist es, die Virusmenge der Betroffenen unter die Nachweisegrenze von derzeit 50 Viruspartikeln pro Milliliter Blut zu senken.

Da sich die Erreger auch im Gehirn, den Lymphknoten, dem Darm, im Hoden und in anderen Körpergeweben befinden und diese dort von den bisher verfügbaren Medikamenten nicht erreicht werden können, ist eine komplette Beseitigung des Virus aus dem Körper und damit eine komplette Heilung nicht möglich. Infizierte können ihre Partner auch dann anstecken, wenn die Virusmenge im Blut unter der Nachweisgrenze liegt.

Antiretrovirale Medikamente greifen in den Vermehrungszyklus des HI-Virus ein.

• Bei den so genannten „nukleosidalen reverse Transkriptase Inhibitoren" oder auch Nukleosidanaloga (NRTI) handelt es sich um falsche Erbgutbausteine, die anstatt der richtigen Bausteine beim Umschreiben der Virus-RNA eingebaut werden. So wird verhindert, dass das virale Erbgut des Erregers in das menschliche Erbgut der Zelle gelangt. Die Funktion der „reversen Transkriptase" wird gehemmt und die Virusvermehrung so verhindert.
• Die nicht nukleosidalen Reverse Transkriptasehemmer (NNRTI) hemmen die Reverse Transkriptase direkt.
• Die so genannten Proteasehemmer blockieren ein Enzym, das wichtige Virus-Eiweiße produziert. 

Eine hoch-aktive antiretrovirale Behandlung startet heute in der Regel mit 2 verschiedenen Nukleosidanaloga und einem Proteasehemmer oder einem nicht nukleosidalen Reverse Transkriptasehemmer. HIV-Patienten müssen diese Medikamente regelmäßig und zeitlebens einnehmen.