Die vielgestaltige Borreliose kann als Multisystemerkrankung bezeichnet werden. Je nach der Art des ersten Auftretens von Symptomen variiert die Zeit von der Ansteckung bis zur Krankheit (Inkubationszeit) stark: Tage bis Wochen für das akute Stadium, Monate bis Jahre für das chronische Stadium. Zu beachten ist, dass jedes Krankheitsanzeichen isoliert, aber auch in unterschiedlichen Kombinationen auftreten kann. Eine spontane Ausheilung ist in beiden Krankheitsstadien möglich.

Akutes Stadium

Nach wenigen Tagen bis Wochen können erste Krankheitserscheinungen auftreten. Die Beschwerden können ausgeprägt sein, aber auch sehr schwach ausfallen. Neben dem möglichen Auftreten von Allgemeinsymptomen wie Krankheitsgefühl, leichtes Fieber, Muskelschmerzen, Kopfschmerzen, Schweißausbrüchen, Abgeschlagenheit u.a. mehr, kommt es in etwa 50% der Fälle zu einer Hautrötung mit zentraler Abblassung an der Zeckenstichstelle (Erythema migrans), die sich ringförmig ausbreitet und über den ganzen Körper wandern kann. Eine weitere akute Erscheinungsform an der Haut, welche jedoch wesentlich seltener als das Erythema migrans auftritt, ist die Entstehung von kleinen festen Hautschwellungen (Borrelienlymphozytom) besonders an den Ohrläppchen oder den Brustwarzen.

Frühes chronisches Stadium

Dieses Stadium kann auch ohne vorherige akute allgemeine Symptomatik und Hautveränderungen nach einigen Wochen bis Monaten auftreten. Es ist charakterisiert durch einen Befall des Nervensystems (Neuroborreliose) oder der Gelenke (Arthritis). Selten kommt es zu Herz- (Myokarditis) oder Muskelentzündungen (Myositis) sowie zu einer Entzündung der Sehnerven.

Der Befall des Nervensystems kündigt sich gewöhnlich durch starke Schmerzen an und zeigt sich bei der Mehrzahl der Betroffenen in einem meist einseitig führenden aber überwiegend beidseitigen Gesichtsnervenbefall (Fazialisparese). Auch Lähmungen an anderen Körperpartien können auftreten. Eine leichte Gehirnhautentzündung (Meningitis) mit  Symptomen wie Kopfschmerzen ist gewöhnlich vorhanden und wird durch die Lumbalpunktion nachgewiesen.

Die Gelenkbeteiligungen können akut oder chronisch auftreten. Es bestehen rheumaähnliche Beschwerden in einem oder mehreren großen Gelenken. Die Schmerzen klingen meist nach 1 bis 2 Wochen ab, können aber immer wieder erneut auftreten. Solche Beschwerden werden noch immer zu selten als Borreliose erkannt.

Bei Befall des Herzmuskels werden oft Herzrhythmusstörungen bemerkt. Diese werden meist durch Störungen bei der Reizweiterleitung hervorgerufen, was zu einer Verlangsamung des Herzschlags führt. In einigen Fällen kann dadurch der vorübergehende Einsatz eines Herzschrittmachers notwendig sein.