Die Inkubationszeit, also die Zeit von der Infektion bis zum Ausbrechen erster Anzeichen, beträgt bei der Diphterie zwischen 2 und 5 Tagen, selten eine Woche. In gemäßigten Klimazonen wie Deutschland betrifft die Infektion als erstes die Atemwege: Meist zuerst Rachen und Mandeln, seltener als erstes Kehlkopf, Nasenraum, Luftröhre oder Bronchien.

Die Krankheit beginnt meist allmählich mit Halsschmerzen, Fieber bis 39°C und Schluckbeschwerden. Die Patienten fühlen sich krank, sind lethargisch und blass. Die Schleimhaut im Rachen ist gerötet und geschwollen. Rachen und Mandeln sind entzündet (Tonsillitis/Pharyngitis) und von einem grau-weißen Belag überzogen. Er kann sich auf den Gaumen, das Gaumenzäpfchen oder sogar bis zum Kehlkopf ausdehnen. Versucht man, die Membranen zu entfernen, blutet es meist. Außerdem sind die Lymphknoten im Rachengebiet angeschwollen.

Nach den ersten Symptomen Halsschmerzen, Fieber und Schluckbeschwerden werden die Patienten heiser, sie können nicht richtig atmen, weil die Luftwege verengt sind. Typisch für eine Diphtherie ist ein süßlicher Geruch, ähnlich wie vergorene Äpfel. Die Schleimhäute im Rachen und Kehlkopf können so stark angeschwollen sein, dass sich die Atemwege verengen und der Patient zu ersticken droht.

Betrifft die Infektion den Kehlkopf (Kehlkopf-Diphtherie), leidet der Patient hauptsächlich unter Husten und Heiserkeit. Bei Diphtherie in der Nase (Nasen-Diphtherie) kommt es oft zu einem blutigen Schnupfen. In tropischen Ländern kann es zu einer Haut- oder Wund-Diphtherie kommen. In westlichen Ländern sind von dieser Diphtherie-Form in erster Linie Obdachlose, Alkoholiker oder Drogenabhängige betroffen. Die Diphtherie-Bakterien gelangen hierbei über eine Hautverletzung in den Körper. Die Wunden entzünden sich, sind gerötet und geschwollen. Bei Säuglingen kann zudem eine Nabel-Diphtherie auftreten.

Bei manchen Patienten äußert sich die Giftwirkung im gesamten Körper (Systemische Diphtherie): 4 bis 5 Tage nach der lokalen Infektion des Rachens oder einer Wunde bekommt der Patient hohes Fieber, er erbricht und entwickelt schwere Allgemeinsymptome mit Luftnot und Nervenlähmungen. Ein Kreislaufkollaps kann die Folge sein.