Die Infektionskrankheit wird durch das Chikungunya-Virus verursacht. Das Virus ist ein so genanntes RNA-Virus, d. h. sein Erbgut besteht aus RNA. Es gehört zu den Arboviren aus der Familie der Togaviridae. Der Begriff „Arbovirus" setzt sich aus der Bezeichnung „arthropod-borne virus(es)", also "von Gliederfüßßlern (z. B. Insekten) stammendes Virus", zusammen. Zu den Arboviren gehören beispielsweise auch die Gelbfieber-, Dengue-, West-Nil-, und  FSME-Viren. Sie alle werden durch Stechmücken oder Zecken übertragen.

Das Virus wird durch Stechmücken der Gattung Aedes übertragen, vor allem Aedes aegypti, A. albopictus und A. polynesiensis. Manchmal gelangen die  Viren auch durch andere Stechmückengattungen in den Menschen, z. B. durch die Anopheles-Mücke. Natürliche Reservoire des Virus sind verschiedene Affenarten und wahrscheinlich auch Nagetiere. Hat eine Mücke mit dem Stich Viren aufgenommen und sich infiziert, bleibt sie ihr Leben lang infektiös. Zudem gibt es Hinweise dafür, dass das Virus von der Mücke direkt an ihre Nachkommen weitergegeben  werden kann.