Die FSME ist durch 2 unterschiedliche Phasen charakterisiert. Innerhalb von 1-2 Wochen (Extreme 4 bis 28 Tage) nach dem Stich einer infizierten Zecke, kommt es bei etwa 30-50% der Betroffenen zu einem grippeähnlichen Krankheitsbild mit Fieber, Kopf- und Gliederschmerzen. Nach einem anschließenden symptomfreien Intervall, das eine große Schwankungsbreite von 1 bis 20 Tagen aufweist, treten erneut Fieberattacken sowie neurologische Beschwerden (Bewusstseinsstörungen, Lähmungen) bei 10 bis 30% der vorher grippeähnlich Erkrankten auf. Von letzteren machen etwa die Hälfte eine Hirnhautentzündung (Meningitis), ca. 30% eine kombinierte Hirn- und Hirnhautentzündung (Meningoenzephalitis) und die restlichen 10-20% der Erkrankten eine zusätzliche Rückenmarkentzündung (Myelitis) durch.

Typischerweise ist die quer gestreifte Skelettmuskulatur betroffen. Dies führt zu Lähmungen in den Armen und/oder Beinen, kann aber auch Schluckstörungen, Sprechprobleme, mitunter sogar lebensbedrohliche Lähmungen der Atemmuskulatur nach sich ziehen. Auch epileptische Anfälle treten in Folge einer FSME auf.