Ca. 5% der Erwachsenen entwickeln eine chronische Verlaufsform häufig ohne dass eine akute Erkrankung bemerkt wurde. Eine Leberzirrhose kann die Folge sein. Die chronische Infektion erhöht das Risiko für die Entwicklung von Leberkrebs um das Hundertfache gegenüber der Normalbevölkerung.

Gleichzeitig mit dem Auftreten einer akuten Hepatitis B kann es selten zu einer parallelen Infektion mit dem Hepatitis-D-Virus kommen. Diese Koinfektion führt zu einer schwerer verlaufenden Lebererkrankung als eine alleinige Ansteckung mit dem Hepatitis-B-Virus. Eine zusätzliche Infektion (Superinfektion) mit dem Hepatitis-D-Virus bei chronischer Hepatitis B führt bei mehr als 90% der Betroffenen zu einer Chronifizierung mit beiden Viren und oft schwerem Verlauf.

Das Hepatitis-B-Virus ist auch für Neugeborene gefährlich. Eine Übertragung des Virus durch eine infizierte Mutter auf ihr Kind führt in 90% der Fälle zur chronischen Hepatitis B des Neugeborenen. Auch Kinder bis 5 Jahre haben eine hohe Chronifizierungsrate bei akuter Hepatitis B.