50-85% aller Infektionen werden chronisch. Oft leiden die Patienten unter Müdigkeit, unspezifischen Oberbauchbeschwerden, Leistungseinschränkungen, zum Teil auch unter Juckreiz und Gelenkbeschwerden. Bei 20% der chronisch Erkrankten kommt es langfristig, etwa in einem Zeitraum von 20-30 Jahren, zu einer Leberzirrhose. Die jährliche Rate der Leberkrebserkrankungen dieser Zirrhose-Patienten liegt bei 1-5% und ist damit recht hoch.

Eine Besonderheit der Hepatitis C ist das gehäufte gleichzeitige Auftreten von Immunkomplexen, die bei Kälte verklumpen, (Kryoglobulinämie) und bestimmten Erkrankungen der Haut, Nieren, Gelenke und Schilddrüse.

Hepatitis-C-Infektionen können zu erheblichen psychischen Belastungen führen, da chronisch Infizierte in ständiger Angst leben, Menschen in ihrem Umfeld anzustecken. Bei der Hepatitis C kommt erschwerend hinzu, dass eine aktive Immunisierung durch Impfung bislang noch nicht möglich ist. Deshalb ist es für die Betroffenen besonders wichtig, mögliche Übertragungswege zu kennen und zu meiden.