Ein systemischer Lupus erythematodes kann den gesamten Körper in Mitleidenschaft ziehen. Besonders schwerwiegend können die Auswirkungen auf die Nieren und das zentrale Nervensystem sein. In 40% der Fälle führen die Nierenentzündungen (Lupusnephritis) zu einer Verschlechterung (Niereninsuffizienz) oder einem Verlust der natürlichen Filterfunktion der Nieren. Lupus-Patienten müssen sich dann dauerhaft einer künstlichen Blutwäsche (Dialyse) oder einer Nierentransplantation unterziehen. Darüber hinaus verkalken die Blutgefäße bei Lupus-Patienten leichter und können dadurch Herz- und Gefäßerkrankungen auslösen.

Einen Notfall stellt auch eine immunologisch bedingte Entzündung des Rückenmarkes dar, die sich in Form von Lähmungen der Beine und (seltener) der Arme äußert (transverse Myelitis). Wird sie nicht schnell genug behandelt, führt sie im schlimmsten Fall zu einer Querschnittslähmung. Bleibt eine Entzündung des Sehnervs unbemerkt, kann ein Lupus-Patient erblinden.

Lupus-Patienten sind etwas anfälliger für Infektionen, wahrscheinlich aufgrund der gegen den Lupus gegebenen Medikamente (Immunsuppressiva). Auch bösartige Erkrankungen treten häufiger auf, da das Immunsystem bei unbehandelten Lupus dauerhaft überaktiv ist.