Zum Magen-Darm-Trakt werden all diejenigen Teile des Körpers gezählt, die an der Verdauung der Nahrung und der Aufnahme ihrer verwertbaren Anteile beteiligt sind.

Die Nahrung wird über die Mundhöhle aufgenommen und durch Kauen zerkleinert, da kleinere Nahrungsbrocken besser verdaut werden können. In der Mundhöhle beginnt auch bereits die Verdauung, indem spezielle Eiweiße (Enzyme) des Speichels mit der Spaltung von Kohlenhydraten beginnen. Durch die Speiseröhre erreicht der Nahrungsbrei den Magen. Dort wird sie gespeichert, mit Hilfe von Säure von möglichen Krankheitserregern gereinigt und durch Enzyme weiter verdaut.

Im sich anschließenden Dünndarm wird der Nahrungsbrei weiter in seine Grundbestandteile zerlegt, z. B. Kohlenhydrate, Aminosäuren und Fettsäuren. Sie werden von der Schleimhaut des Dünndarms aufgenommen und gelangen im Blut zu allen Körperzellen. Die nicht zur Aufnahme geeigneten Nahrungsanteile gelangen in den Dickdarm und werden über den Enddarm ausgeschieden. Je nach Art der aufgenommenen Nahrung dauert es vom Zeitpunkt der Nahrungsaufnahme bis zur Ausscheidung zwischen 33 und 43 Stunden.

Neben Enzymen, die die Nahrung in ihre Grundbestandteile aufspalten, bildet der Verdauungsapparat Hormone und gibt sie an das Blut ab. Dieses hormonelle System steuert die Tätigkeit zahlreicher Verdauungsvorgänge. Das Verdauungssystem bildet damit die größte Hormondrüse des Menschen.

Eine weitere wichtige Aufgabe des Magen-Darm-Trakts ist die Wasseraufnahme aus der Nahrung: 9 Liter Wasser gelangen so täglich aus der Nahrung in den Körper. Darüber hinaus bilden die Verdauungsorgane eine Barriere für Krankheitserreger, die mit der Nahrung aufgenommenen werden. Es bietet somit Schutz vor Infektionen und Entzündungen durch potenzielle Erreger aus Nahrung und Umwelt.