Magen- und Darmgeschwüre können auch ohne Behandlung innerhalb von 2-3 Monaten von alleine abheilen. Eine Behandlung mit Säurehemmern und Antibiotika kann den Heilungszeitraum jedoch auch 1-3 Wochen verkürzen.

Bei entsprechender Therapie ist die Prognose des Magen- oder Zwölffingerdarmgeschwürs sehr günstig. Vor allem eine Helicobacter-pylori-Infektion als Hauptursache lässt sich ausgezeichnet mit Antibiotika behandeln. Durch dauerhafte Beseitigung des Bakteriums mit einer Dreifach-Kombinationstherapie liegt die Heilungsrate bei 95%.

In den seltenen Fällen, in denen Helicobacter pylori auch nach der Behandlung noch vorhanden ist, wird die Therapie wiederholt. Die Erfolgsrate ist auch dann wieder sehr hoch. Nur bei sehr wenigen Patienten gelingt die vollständige Beseitigung des Erregers nicht.

Unbehandelte Patienten haben ein hohes Rückfallrisiko von 40-80%, d. h. nach Heilung treten immer wieder neue Geschwüre auf. Die Erkrankung kann durch diese wiederkehrenden Geschwüre chronisch werden.