Sehr selten kann die Entzündung die Darmwand so schädigen, dass sie aufreißt und der Darm in die Bauchhöhle durchbricht. Bei einem Durchbruch kann Darminhalt in die Bauchhöhle gelangen und dort eine Entzündung des Bauchfelles verursachen. Manchmal ist die Darmwand durch den Entzündungsprozess so verdickt und verbacken, dass sie den Darm verengt. Im schlimmsten Fall kann der Darm komplett verschließen.

Eine weitere Komplikation sind Blutungen aus dem Darm. Im Gegensatz zur Colitis ulcerosa kommt dies jedoch selten vor. Ebenfalls seltener als bei der Colitis ulcerosa ist das so genannte toxische Megakolon: Erweiterte und aufgeblähte Darmschlingen, die platzen und eine Entzündung des Bauchfelles verursachen können. Durch den chronischen Entzündungsprozess können sich die Zellen der Darmschleimhaut in Krebszellen umwandeln (Darmkrebs). Das Risiko für Darmkrebs ist jedoch geringer als bei der Colitis ulcerosa.

Bei etwa 40% der Patienten bilden sich Verbindungsgänge zwischen dem Darm und anderen Organen oder der Hautoberfläche (Fisteln). Solche Gänge können zum Beispiel zwischen 2 Darmabschnitten entstehen oder von Darm zu Haut, Blase oder Scheide führen. Eine weitere unangenehme Begleiterscheinung der Krankheit sind Abszesse.

Eine chronische Krankheit mit immer wiederkehrenden Entzündungsschüben ist eine große Belastung für die Patienten. Der Leidensdruck ist bei Morbus Crohn daher sehr hoch. Viele Patienten ziehen sich von ihren Mitmenschen zurück oder haben depressive Verstimmungen. Manche leiden unter psychischen Störungen wie Angstzuständen oder zwanghaftem Verhalten. Oft fühlen sich die Patienten darüber hinaus von ihren Angehörigen nicht richtig verstanden oder alleine gelassen.

Manchmal befällt der Morbus Crohn nicht nur den Darm, sondern auch andere Organe. Mögliche Komplikationen sind:

• Leber
  Verfettung, chronische Leberentzündung (Hepatitis B und C), Gelbsucht, Leberzirrhose, Abszess in der Leber, Ablagerungen von Eiweiß in verschiedenen Organen (Amyloidose), Granulomatose (Morbus Wegener)
• Gallenblase und Gallenwege
  Gallensteine, Entzündung der Gallengänge, Karzinom in der Gallenblase oder in den Gallenwegen
• Haut
  Hautveränderungen durch Zinkmangel, bräunliche Knoten an den Unterschenkeln, schmerzhafte Geschwüre auf der Haut
• Mundschleimhaut
  Geschwüre
• Gelenke
  Gelenkentzündungen, Gelenkschmerzen, Morbus Bechterew (ankylosierende Spondylitis)
• Finger
  Trommelschlägelfinger, weißliche Verfärbungen auf den Nägeln
• Augen
  Entzündungen der Regenbogenhaut, Lederhaut, Hornhaut oder Bindehaut
• Blut
  Blutarmut (Anämie), Thrombosen
• Blutgefäße
  Entzündungen der Blutgefäße
• Lunge
  Umbau in den kleinen Lungenbläschen mit Bindegewebe
• Herz
  Entzündung des Herzbeutels (Perikarditis)
• Nieren
  Steine in der Niere, Ablagerungen von Eiweiß in verschiedenen Organen (Amyloidose)
• Hormonsystem
  Schilddrüsenüberfunktion (Hyperthyreose)