Nierensteine verursachen je nach Größe, Form und Position des Nierensteins unterschiedliche Krankheitszeichen. Kleine Steine oder griesartige Körner sind meist unproblematisch. Durch gesteigerte Trinkmengen können sie wieder aus den Harnwegen herausgespült werden. Solange die Steine ruhig in der Niere liegen, sind sie symptomlos und werden oft nur zufällig während einer Ultraschall- oder Röntgenuntersuchung entdeckt. Manchmal deutet ein Ziehen oder Drücken in der Flankengegend oder eine geringe Menge von Blut im Urin (Hämaturie) auf einen Nierenstein hin.

Dagegen können insbesondere größere Steine, die den Harndurchfluss in den Harnwegen versperren, heftigste Schmerzen verursachen. Ist das Nierenbecken oder der Harnleiter durch einen Stein blockiert und/oder kommen die Steine in Bewegung und rutschen in die Harnleiter, kann es zu einer gefürchteten Kolik kommen. Es können ziehende, stechende oder dumpfe Schmerzen in der Nierengegend oder im Rücken auftreten, begleitet von Übelkeit mit Erbrechen, einem aufgeblähten Bauch, Fieber und Blut im Urin.