Patienten mit einer peripheren arteriellen Verschlusskrankheit haben in der Regel eine kürzere Lebenserwartung, da sie oft unter weiteren Gefäßerkrankungen leiden. Die Prognose eines Arterienverschlusses ist an den Armen wesentlich besser als den Beinen.

Generell ist der Krankheitsverlauf vom Zeitraum abhängig, der zwischen den ersten Beschwerden und der gelungenen Wiedereröffnung des Gefäßes verstreicht. Liegt beispielsweise bei einem Arterienverschluss im Bein dieser Zeitraum unter 6 Stunden, kann das Bein in 96% der Fälle erhalten werden. Beträgt dieses Zeitintervall jedoch mehr als 12 Stunden, liegt die Amputationsrate bei über 52%. Die Überlebensrate von Patienten mit akuten Arterienverschlüssen beträgt im ersten Jahr nach einer Operation 79%.

Vorbeugende Maßnahmen gegen einen erneuten Arterienverschluss beeinflussen den weiteren Verlauf ebenfalls günstig. Wurde der arterielle Verschluss durch eine Embolie verursacht, deren Quelle nicht beseitigt werden konnte, muss der Patient dauerhaft Medikamente einnehmen, die die Blutgerinnung hemmen (z. B. Marcumar). Liegt dem Verschluss eine Thrombose  zugrunde, erfolgt eine Therapie mit so genannten Thrombozytenaggregationshemmern  (z. B. Azetylsalizylsäure).