Die Erkrankung verläuft normaler Weise in Schüben, wobei längere symptomfreie Abschnitte von Monaten oder sogar Jahren nicht ungewöhnlich sind. Mit der Zeit werden die Schübe zudem seltener und schwächer. Meist verläuft die Erkrankung mit zunehmendem Alter milder.

Der systemische Lupus erythematodes kann bislang nicht vollständig geheilt werden. Dank neuer Medikamente haben die meisten Patienten heute aber eine annährend normale Lebenserwartung. Während in den 1960er Jahren die 5-Jahres-Überlebensrate noch zwischen 20 und 30% lag, ist sie inzwischen auf mehr als 90% gestiegen. Häufigste Todesursache ist inzwischen nicht mehr der systemische Lupus selbst, sondern Komplikationen, wie z. B. schwere Infektionen oder Thrombosen. Je früher die Erkrankung erkannt und behandelt wird, desto besser sind die Chancen für den Patienten, ein normales Leben führen zu können.

Grundsätzlich sollten sich Betroffene alle 3-6 Monate von einem Rheumatologen untersuchen lassen. Die meisten Lupus-Patienten müssen zeitlebens behandelt werden. Lediglich bei lang anhaltenden symptomfreien Phasen kann die Behandlung unter Umständen ausgesetzt werden. Dies sollte jedoch unbedingt nur in Absprache mit dem behandelnden Arzt geschehen.