Eine Schilddrüsenunterfunktion sollte so früh wie möglich behandelt werden, um bleibende Schäden zu verhindern. Bislang ist eine Heilung der eigentlichen Ursache jedoch nicht möglich, mit Medikamenten können jedoch die Auswirkungen der Erkrankung sehr wirkungsvoll verringert werden. Ist Jod-Mangel die alleinige Ursache der Unterfunktion, erfolgt eine Behandlung mit Medikamenten, die Jod enthalten.

Schilddrüsenhormone werden in Form von Levothyroxin verabreicht, das im Körper wie die körpereigenen Schilddrüsenhormone wirkt. Meist müssen die Patienten Levothyroxin lebenslang einnehmen. Bei richtiger Dosierung kommt es zu keinen Nebenwirkungen. Bei zu schneller Steigerung der Menge oder Überdosierung von Levothyroxin können Herzprobleme oder Vergiftungserscheinungen auftreten.

In der Regel beginnt der Internist mit einer geringen Menge, die dann bis zur optimalen Dosis langsam erhöht wird. So kann sich der Körper langsam auf die Hormongabe einstellen. Das ist nach ungefähr 4 Wochen bis zu einigen Monaten der Fall. Die richtige Menge ist sowohl vom Alter der Patientin als auch der Ursache für die Erkrankung abhängig. Bei über 60-Jährigen liegt die erforderliche Dosis um 30% unter der Dosis für jüngere Erwachsene, da der natürliche Hormonspiegel in höherem Lebensalter von dem jüngerer Menschen abweicht. Während der Schwangerschaft sollte die Levothyroxin-Menge dagegen erhöht werden, da der Körper in dieser Zeit mehr Schilddrüsenhormone benötigt.

Bei der Hashimoto-Thyreoiditis liegt die Dosis etwa 20% unter der Menge nach der operativen Entfernung der Schilddrüse oder einer Radio-Jod-Therapie. Der Grund hierfür liegt darin, dass bei einer Hashimoto-Thyreoiditis immer noch etwas hormonbildendes Restgewebe vorhanden ist. In manchen Fällen wird zusätzlich die Einnahme des Metalls Selen empfohlen, das die Bildung der Schilddrüsenhormone T3 und T4 fördert.

Patienten, die wegen einer Schilddrüsenunterfunktion ins Koma gefallen sind, erhalten Levothyroxin in hoher Konzentration in eine Vene gespritzt.

Sind Medikamente zur Behandlung einer Überfunktion Auslöser, müssen sie niedriger dosiert oder sogar abgesetzt werden.