Bei Schwangeren ist das Risiko höher als bei nichtschwangeren Frauen, dass ein Morbus Crohn während der Schwangerschaft ausbricht. Etwa 25% der schwangeren Frauen mit Morbus Crohn erleiden während ihrer Schwangerschaft einen akuten Schub. Die Krankheit verläuft bei Schwangeren ähnlich wie bei Nichtschwangeren.

Bei schweren Entzündungsschüben, Fisteln oder wenn große Teile des Dickdarmes der Mutter entzündet sind, kommt es öfters zu Früh- oder Fehlgeburten. Wie häufig dies auftritt, ist in Studien noch nicht genügend untersucht worden. Schwangere erhalten Kortison oder Salizylate, bei Fisteln Metronidazol. Wenn diese Medikamente nicht helfen, wird Azathioprin verabreicht. Schwangere mit Morbus Crohn werden nur operiert, wenn schwerwiegende Komplikationen auftreten, beispielsweise bei einem Darmdurchbruch, bei einem Darmverschluss oder bei einer Entzündung des Bauchfelles.