Die Zöliakie hat keinen Einfluss auf die Lebenserwartung der Betroffenen, wenn sie eine glutenfreie Diät konsequent einhalten. Bei den meisten Patienten entwickeln sich die Entzündungsprozesse im Dünndarm innerhalb weniger Monate zurück und sie sind praktisch beschwerdefrei. In einigen wenigen Fällen handelt es sich um so genannte diätresistente Formen der Zöliakie, die mit Immunsuppressiva, also Medikamenten, die das Immunsystem drosseln, behandelt werden müssen.

Gerade zu Beginn der Nahrungsumstellung, wenn sich die Dünndarmschleimhaut wieder im Aufbau befindet, kann es zu Begleiterscheinungen und Komplikationen, wie Darmverschluss, Durchfall, Verlust von Elektrolyten und Bauchschmerzen kommen, die behandelbar sind und im Rahmen des fortschreitenden Gesundungsprozess verschwinden.