Bei der Hashimoto-Schilddrüsenentzündung bildet der Körper Abwehrstoffe gegen Thyreoglobulin, thyreoidale Peroxidase und den TSH-Rezeptor. Das Thyreoglobulin ist ein Eiweiß in den Schilddrüsenfollikeln. Die thyreoidale Peroxidase ist für die Bildung der Schilddrüsenhormone wichtig und sorgt für den Einbau von Jod in die Schilddrüsenhormone. Der TSH-Rezeptor ist ein Eiweiß an der Oberfläche der Schilddrüsenzellen. Dort dockt das Hormon TSH (Thyreoidea stimulierendes Hormon) an. Die Antikörper gegen die 3 Eiweiße heißen Thyreoglobulin-Antikörper (TAK), Antikörper gegen thyreoidale Peroxidase oder mikrosomale Antikörper (MAK) und TSH-Rezeptorautoantikörper (TRAK).