Probiotische Arzneimittel enthalten lebensfähige probiotische Bakterienstämme (Probiotika) in hohen Konzentrationen. Ihre Wirkung bei bestimmten Erkrankungen, z. B. Durchfall, Verstopfung, Reizdarmsyndrom und Colitis ulcerosa, ist nachgewiesen. Zu den medizinisch genutzten Probiotika zählen Laktobazillen, Escherichia-coli-Stamm Nissle 1917, Bifidobakterien, Streptokokken und Hefen.