Wird eine  Speiseröhrenentzündung chronisch, können Komplikationen auftreten:

• Durch die Geschwüre, die sich durch die Entzündung bilden, kann sich die Speiseröhre verengen (Stenose)
• Blutungen
• Eine lang anhaltende Refluxkrankheit kann die Schleimhaut in der Speiseröhre verändern. Es entsteht der so genannte Barett-Ösophagus, der die Speiseröhre in ihrem unteren Abschnitt verengt. Der Barett-Ösophagus stellt eine Vorform für den Speiseröhrenkrebs dar.
• Bei einer Verätzung durch Säuren und Laugen ist der Durchbruch der Speiseröhre eine gefürchtete Komplikation, in deren Folge eine Entzündung des Mittelfells entstehen kann und die tödlich enden kann. Nach überstandener Verätzung kann die Speiseröhre durch Narben bleibend geschädigt sein. Möglich ist auch eine Schrumpfung der Speiseröhre.