Der SLE ist eine chronische Erkrankung, die in Schüben verläuft, wobei längere beschwerdefreie Abschnitte von Monaten oder sogar Jahren nicht ungewöhnlich sind. Mit der Zeit werden die Schübe häufig seltener und schwächer, oftmals scheint der SLE mit zunehmendem Alter „auszubrennen“. Bis heute kann der SLE aber leider nicht geheilt werden.

Eine genaue Prognose über den jeweiligen individuellen Krankheitsverlauf ist derzeit nicht möglich. Unbehandelt haben SLE-Patienten aber im Vergleich zur Normalbevölkerung ein erhöhtes Risiko für Infektionen, atherosklerotische Veränderungen der Herzkranzgefäße (koronare Herzkrankheit = KHK), Osteoporose und auch bösartige Neubildungen (Malignome, z.B. Lymphome). Diese Risiken sind neben einer schweren, therapeutisch nicht kontrollierbaren Erkrankung die Hauptursachen für schwere, teils tödlich verlaufende Komplikationen. Daher sollten diese Risikofaktoren bei jedem SLE-Patienten sowohl durch die behandelnden Ärzte (in erster Linie Hausarzt und Rheumatologe) als auch durch den betroffenen Patienten selbst frühzeitig und ausreichend berücksichtigt werden. Die modernen zur Verfügung stehenden Behandlungsmöglichkeiten versprechen hierbei großen Erfolg. Dies zeigt die Entwicklung der 5-Jahresüberlebensrate (statistische Wahrscheinlichkeit mit der ein Patient die nächsten 5 Jahre überleben wird) von SLE-Patienten mit einem Anstieg von circa 40 % in den 1950er Jahren des vergangenen Jahrtausends auf aktuell bis zu über 90 %. Wenn heute auch noch nicht heilbar, so stelltein frühzeitig erkannter und engmaschig unter Einbeziehung der zuständigen Ärzte kontrollierter SLE in den meisten Fällen eine gut behandelbare Erkrankung mit guter Prognose dar.