Die Auswirkungen der Therapie sind u.a. abhängig von der Konstitution und den möglichen Begleiterkrankungen des Patienten. Die Hauptrisiken sind Infektion und Blutung sowie Anämie, die durch unterstützende Therapien wie Blutübertragungen, Thrombozytentransfusion und Infektionsprophylaxe sowie gegebenenfalls -Therapie behandelt werden müssen. Vor allem Virus- und Pilzinfektionen sind bei längerer Zytopenie (Zellarmut aufgrund zytostatischer Therapie) lebensbedrohlich. Spezifische Nebenwirkungen auf Leber- und Nierenfunktion müssen ebenso beachtet werden wie Komplikationen durch Befall des Zentralen Nervensystems (ZNS) oder Stoffwechselentgleisungen (z.B. Kalzium, Zucker).

Bei der allogenen Stammzelltransplantation können neben infektiösen Komplikationen auch akute und chronische Störungen durch die Wirkung des neuen Knochenmarkes vom Spender (Graft) auf den Empfänger (Host) auftreten , was als GVH-Reaktion (Graft versus Host) bezeichnet wird und aktives und intensives Behandeln erforderlich macht.

Eine Verbesserung der Prognose erscheint bei der ALL durch weitere Differenzierung der Diagnostik und konsequente Therapiedurchführung in geeigneten Zentren möglich.