Etwa 30% der Patienten sind beschwerdefrei und bemerken gar nicht, dass sie ein Geschwür haben. Die meisten Patienten spüren jedoch einen dumpfen, bohrenden Schmerz im Oberbauch, der manchmal in den Rücken ausstrahlt. Im Unterschied zur Magenentzündung mit ihrem nicht lokalisierbaren Schmerz tritt der Schmerz bei einem Geschwür punktuell auf. Der Patient kann also genau die schmerzhafte Stelle zeigen. Diese stimmt aber nicht zwangsläufig mit dem tatsächlichen Ort des Geschwürs überein.

Bei einem Magengeschwür können die Beschwerden sowohl nahrungsunabhängig als auch unmittelbar nach der Nahrungsaufnahme auftreten. Nüchternschmerz, der nach der Nahrungsaufnahme nachlässt, ist dagegen typisch für ein Zwölffingerdarmgeschwür. Oft verstärken sich die Schmerzen während der Nacht.

Die Betroffenen vertragen stark gewürzte Speisen, Süßigkeiten, Alkohol und Kaffee schlecht. Außerdem leiden sie oft unter Erbrechen von blutigem Mageninhalt, Appetitmangel, Übelkeit und Sodbrennen.