Der Erreger der FSME wird von Zecken übertragen. Zecken leben bevorzugt in Bodenähe, "lauern" auf Sträuchern, Gräsern, im Laub und in Büschen. Sie werden durch das ausgeatmete Kohlendioxid sowie durch den Schweißgeruch und die Körperwärme des Menschen angelockt und suchen möglichst feuchtwarme Körperpartien an ihrem Opfer auf. Die kleinen, geschickten Kletterer halten sich, wenn sie auf einen Menschen übergehen, an seinen Haaren oder Kleidern fest, um dann an eine unbekleidete Körperstelle vorzudringen. Die Gelegenheiten für eine Begegnung mit Zecken sind vielfältig - z.B. beim Zelten, Joggen, Angeln, Reiten oder Wandern etc. kann man von einer Zecke gestochen werden.

Beim Stich gelangen die FSME-Erreger von der Zecke in den menschlichen Organismus. Die Erreger befinden sich im Speichel der Zecke. Eine besondere Tücke des Zeckenstichs liegt darin, dass er nicht nur Erreger übertragen kann, sondern darüber hinaus durch betäubende Substanzen im Zeckenspeichel vom Opfer praktisch nichts gespürt wird.

Zecken kommen zwar weltweit vor, jedoch ist das FSME-Virus auf Europa und einige Teile Asiens beschränkt. In Deutschland ist das FSME-Virus teilweise stark verbreitet,
1-5% der Zecken weisen FSME-Erreger auf. Gebiete mit sehr hohem Risiko sind in Süddeutschland die Niederungen des Donautals und seiner Nebenflüsse in Baden-Württemberg und Bayern. Die letzten Jahre mussten aber immer mehr Regionen - u.a. auch in Hessen, Thüringen und Rheinland-Pfalz - als Risikogebiete eingestuft werden.