Moderne Untersuchungsmethoden sollen einerseits bereits geringe Krankheitszeichen sichtbar machen, gleichzeitig aber möglichst ohne Risiko für den Patienten sein. Aus diesem Grund bevorzugen Internisten heute so genannte nicht invasive Untersuchungen, bei denen der Arzt nicht mit Untersuchungsgeräten in den Körper eindringen muss. Beispiele hierfür sind das Elektrokardiogramm (EKG), der Ultraschall und die Kernspintomografie. Auch minimalinvasive Methoden, wie z. B. die Schlüssellochtechnik (Endoskopie), ermöglichen dem Arzt einen schonenden Blick ins Körperinnere. Herkömmliche Röntgenuntersuchungen dagegen werden heute nur noch durchgeführt, wenn die neuen Bildgebungsverfahren nicht ausreichen. So wird der Dünndarm beispielsweise zunehmend mittels Magnetresonanz- oder Computertomografie sowie Videokapsel- oder Doppelballonendoskopie untersucht.

Am Beginn einer internistischen Untersuchung befragt der Arzt den Patienten zunächst zu seiner Krankengeschichte: Seine Beschwerden und Vermutungen über die Ursache, aber auch frühere Erkrankungen, aktuelle Medikamenteneinnahme, vergangene Auslandsaufenthalte sind für den Internisten von Interesse und fließen in seine Diagnose mit ein. Diese Befragung wird als Anamnese bezeichnet. Besonders wichtig ist auch die Familienanamnese, da eine ganze Reihe von Krankheiten genetisch bedingt sind und familiär gehäuft vorkommen können.

Danach verschafft sich der Internist einen Eindruck vom Allgemeinzustand seines Patienten. Neben Gewicht und Größe misst er Körpertemperatur, Puls und Blutdruck. Außerdem sucht er nach typischen Krankheitsanzeichen wie

• Hautfalten bei Austrocknung
• Gelber Haut (Gelbsucht)
• Blasser Haut bei Blutarmut (Anämie)
• Wassereinlagerung
• Rötungen oder Schwellungen der Haut

Er überprüft, ob die Lymphknoten am Hals, in der Leistenbeuge oder in den Achselhöhlen vergrößert sind, was für eine erhöhte Aktivität des Immunsystems sprechen würde. Mit dem Stethoskop hört der Arzt Herz und Lunge nach auffälligen Geräuschen ab. Er kann dabei sowohl Herzklappenfehler als auch Verengungen der Atemwege erkennen. Beim Abklopfen des Rückens hört der Internist, ob sich Flüssigkeit in der Lunge befindet: Eine gesunde Lunge klingt hohl, eine flüssigkeitsgefüllte Lunge klingt gedämpft. 

Durch einfaches Abtasten des Bauchraumes eines entspannt liegenden Patienten stellt der Arzt fest, ob Leber, Milz oder Gallenblase vergrößert sind oder ein Organ auf Druck mit Schmerzen reagiert. Auch Darmwinde und freies Wasser im Bauchraum kann er ertasten und die Darmaktivität anhand der Darmgeräusche bewerten. Er untersucht den Augenhintergrund und den Rachen und überprüft verschiedene Reflexe seines Patienten an Knie, Ellenbogen und Fußsohle. Außerdem beurteilt er den Zustand der Blutgefäße, des Skeletts und der Psyche des Patienten und kontrolliert regelmäßig, wie sich der Gesundheitszustand des Patienten entwickelt.

Welche weiteren Verfahren notwendig sind, entscheidet der Internist anhand der Befunde, die sich aus der Voruntersuchung ergeben. Grundsätzlich wird er eine Blutuntersuchung anordnen, da sich viele Beschwerden in veränderten Blutwerten widerspiegeln.

Besteht der Verdacht auf eine Erkrankung des Herzens, wird er seinen Patienten zunächst einem EKG, bei Bedarf einer Echokardiografie oder darüber hinaus einer Herzkatheteruntersuchung unterziehen, um die genaue Ursache zu klären.

Bluthochdruck ist so schädlich für den Organismus, dass der Arzt den Blutdruck der betroffenen Patienten durch regelmäßige Messungen überwacht und gegebenenfalls mit Medikamenten reguliert. Das gleiche gilt für einen erhöhten Blutzuckerspiegel. Diabetiker werden außerdem ständig auf neurologische Ausfälle, wie das Diabetiker-Fußsyndrom, überprüft (z. B. mittels Mikrofilament oder Stimmgabel). Sie sollten sich darüber hinaus einmal jährlich von einem Augenarzt untersuchen lassen.

Auch in der internistischen Praxis werden heutzutage immer häufiger bildgebende Verfahren wie z. B. Ultraschall oder die Endoskopie eingesetzt. Diese Methoden ermöglichen dem Internisten ohne Operation einen Blick in das Innere des Patienten. Mit Hilfe der Endoskopie kann der Arzt darüber hinaus Hohlorgane von innen betrachten. So gewährt das Zytoskop einen Blick in die Blase, das Kolposkop in die Scheide, das Laparoskop in den Bauchraum, das Gastro- und Koloskop in den Magen und in den Darm. Jedes Gerät ist speziell für seine Anwendung ausgerichtet, enthält aber immer eine optische Einheit mit Beleuchtung und einen Arbeitskanal, durch den Instrumente eingeführt werden können.

Biopsien und Punktionen spielen eine große Rolle bei der Erkennung von Krebserkrankungen. Vielen Patienten bleiben durch Gewebsuntersuchungen bei unauffälligem Befund Totaloperationen erspart. Zur Krebsfrüherkennung stehen den Ärzten im Übrigen eine Reihe von Untersuchungsmethoden zur Verfügung (Abstrich-Untersuchung, Stuhluntersuchung etc.), die viele Leben retten können, wenn sie von den Patienten regelmäßig wahrgenommen werden.