Bei schwer Erkrankten dauert es meist mehrere Wochen bis sich die Patienten erholen. Das „Post-Intensive-Care“-Syndrom (PICS) nach längerer Intensivbehandlung umfasst kognitive und emotionale Störungen sowie periphere Lähmungen aufgrund einer motorisch und axonal betonten CIP (critical illness polyneuropathy) und einer CIM (critical illness myopathy), die häufig als Mischbild vorliegen. Vor allem nach längerer invasiver Beatmung sowie bei vorgeschädigten Patienten sind dauerhafte pulmonale und kardiale Funktionseinschränkungen nicht selten.

Längerfristige gesundheitliche Folgen einer SARS-CoV-2-Infektion werden allerdings auch bei Personen mit unkomplizierten Krankheitsverläufen beobachtet. Insbesondere Geruchs- und Geschmacksstörungen können auch nach leicht oder weitgehend asymptomatisch verlaufenen Infektionen noch über Wochen anhalten. Symptome, die länger als 4 Wochen nach Abklingen der akuten COVID-Erkrankung andauern bzw. infolge COVID neu auftreten werden als Long-COVID bezeichnet (Prävalenz 10 - 15 %), solche die länger als 12 Wochen andauern bzw. infolge COVID neu auftreten als post-COVID-Syndrom (Prävalenz < 4%). Zu den häufig berichteten Beschwerden, die allein oder in Kombination auftreten können, zählen Fatigue (Müdigkeit, Erschöpfung und eingeschränkte Belastbarkeit), Kurzatmigkeit, Konzentrations- und Gedächtnisprobleme, Schlafstörungen, Muskelschwäche und -schmerzen sowie psychische Probleme wie depressive Symptome und Ängstlichkeit. Darüber hinaus werden auch Verschlechterungen der Lungenfunktion, Leber- und Nierenfunktionseinschränkungen, Herzmuskelentzündungen und das Neuauftreten eines Diabetes mellitus beobachtet. 

Auch bei Kindern und Jugendlichen bestehen häufig in den ersten Wochen nach durchgemachter Erkrankung Symptome wie Müdigkeit, Kopfschmerzen und Geruchsstörungen. Diese bilden sich jedoch bis auf Einzelfälle innerhalb von 2 Monaten vollständig zurück.